Da quando il Regolamento è entrato in vigore nessun alimento contenente OGM è stato autorizzato per l'alimentazione umana o animale nel territorio UE. Fanno eccezione, secondo l'articolo 5 del Regolamento 258/97, i prodotti dichiarati equivalenti (tramite notifica) a quelli esistenti (tra cui figurano: olio ottenuto dal colza geneticamente modificato; farina, amido, olio e sciroppo di glucosio ottenuti dal mais geneticamente modificato).
Il concetto di equivalenza sostanziale (ES) è stato enunciato nel 1991 dall'OCSE e rielaborato nel 1996 congiuntamente dalla FAO e dall'OMS che identificano l'ES: “essere stabilita da una dimostrazione che le caratteristiche analizzate per l'organismo geneticamente modificato, o per lo specifico alimento da esso derivato, sono equivalenti alle stesse caratteristiche dell'organismo di paragone. I livelli e le variazioni caratteristiche dell'organismo transgenico devono essere all'interno delle variazioni delle stesse caratteristiche nell'organismo di paragone”.